Hôpital

• Type :
• Adresse : 125 rue de Stalingrade
• Nombre de lits : 400
• Spécialités : toutes sauf neurochirurgie, ORL, urologie
• Moyens d’accès/transport : Métro ligne 7 ou 5, Tram T1

Laboratoire

Chef de service : Pr. Etienne CARBONNELLE

Responsable des internes : Pr E. Carbonnelle; Pr JR. Zahar

Effectifs : 3 PU-PH; 2 MCU-PH; 2 AHU; 4 PH; 0 AS; 0 PA; 3 internes; 3 externes; 25 techniciens

Staff :

• Réunions de services : Oui
• Réunions clinico-biologiques : Oui
• Réunions bibliographiques : oui

Cours organisé par le service :  Oui

Agrément : Niveau 1 et 2, Phase Socle

Techniques utilisées, spécialités : MALDI, BM

Intégration de l’interne dans la démarche qualité et d’accréditation : Oui

Gardes : Pas de gardes

• Pool de garde :
• Fréquence :
• Horaires :
• Personnel de garde :
• Activité(s) :

Astreintes

• Jour(s) : Oui
• Fréquence : après midi du lundi au vendredi. Pas d’astreinte le week end.
• Horaires : 9h-17h45
• Activité(s) : Bactériologie, AES.

Missions/ Activités principales de l’interne

Le Service de Microbiologie Clinique regroupe les secteurs de Bactériologie- Virologie, Hygiène et laboratoire de niveau 3 pour le diagnostic de la tuberculose. Il accueille les Internes du DES de Biologie Médicale. Ce service hospitalo-universitaire assure aux Internes une formation dans les 4 disciplines : Bactériologie, Mycobactériologie, Virologie et Hygiène hospitalière en les plaçant sous la responsabilité de Biologistes seniors spécialistes de ces disciplines.

La formation est acquise dans le cadre des fonctions hospitalières de l’Interne qu’il abordera à travers le diagnostic des pathologies infectieuses traitées à l’Hôpital Avicenne. Celles-ci constituent un panel très important de maladies infectieuses et tropicales. En effet cet hôpital, l’un des 3 hôpitaux universitaires de Seine-Saint-Denis, comporte un bassin de population caractérisé par un fort taux d’immigration et une précarité socio-économique importante. D’autre part, l’hôpital prend en charge de nombreux patients immunodéprimés du fait de son orientation en maladies infectieuses, en Oncologie et en Hématologie Clinique.

Par ailleurs, les Internes bénéficient de séances de formation au sein du Service, assurées par les enseignants hospitalo-universitaires et hospitaliers. Une trentaine decours sont ainsi dispensés par semestre dans le domaine de la microbiologie (Bactériologie, Virologie, Myco-parasitologie, Hygiène, Tuberculose, Accréditation). Ils participent également à des réunions organisées avec les services de Maladies Infectieuses, réunions où ils sont amenés à faire une présentation sous la responsabilité d’un senior. Par ailleurs, il participe à la réunion quotidienne avec le service de réanimation. Une séance bibliographie est organisée une fois par mois avec le service de Réanimation et la Pharmacie. Les internes présentent sous la responsabilité d’un sénior, un article en lien avec une thématique vue au laboratoire ou en clinique. Les Internes complètent leur formation dans le domaine de la thérapeutique anti-infectieuse en assistant les 2 référents en antibiothérapie de l’Hôpital (Dr. F. Jaureguy et Dr. F. Méchaï). L’encadrement des Internes en Bactériologie, en Virologie et en hygiène hospitalière est assuré par : 3 PU-PH (Pr. E. Carbonnelle, Pr. P. Dény et Pr. JR. Zahar), 2 MCU-PH en virologie (Dr. E. Gordien et Dr. S. Brichler), 4 PH (Dr. F. Jaureguy, Dr. P. Cruaud, Dr. T. Billard-Pomares et Dr. C. Alloui) et 2 AHU (Dr. V. Walewski et Dr. T. Delerue).

Pour le niveau 1 :
Un apport adapté, composé de bases théoriques universitaires et d’un travail personnel présenté sous forme d’un exposé au cours d’une séance du service, complètent la formation pratique. Cet apport est complémentaire de l’enseignement de Bactériologie-
Virologie dispensé au cours du certificat organisé pour le niveau 1 par les enseignants de l’Inter-région Ile de France.  Dans le Service, les enseignants s’attachent à vérifier l’aptitude des Internes au diagnostic bioclinique, à l’approche critique sur la cohérence des prescriptions et des ésultats en les resituant par rapport à l’ensemble des données clinico-biologiques. Ils vérifient que l’Interne est capable de commenter les résultats et de les valider biologiquement. Les enseignants s’assurent enfin, que les objectifs spécifiques définis dans l’arrêté du 4 juillet 2003 sont atteints. Les Internes sont également impliqués dans l’application des dispositions de l’accréditation (habilitation du personnel médical). Par ailleurs, ils sont bien évidemment libérés du service afin d’assister au cours de DES.

Pour le niveau 2 :
La formation pédagogique s’inscrit dans la maquette présentée pour l’obtention de la spécialité Bactériologie-Virologie et Hygiène hospitalière. Les connaissances théoriques et pratiques des bactéries, mycobactéries et virus et des autres agents transmissibles acquises au cours du niveau 1 sont approfondies et complétées. Les problèmes touchant à la lutte contre les infections nosocomiales et les infections chez les patients immunodéprimés sont plus particulièrement abordés. L’Interne reçoit une formation complémentaire en rapport avec les axes de recherches développés dans le Service. Dans ce cadre, des sujets de travail faisant éventuellement l’objet de leur mémoire de DES leur sont confiés.

En Bactériologie, le laboratoire oriente son activité de recherche dans 2 domaines :

• le diagnostic des infections à mycobactéries ; l’hôpital prenant en charge de nombreux cas de tuberculose survenant en Seine-Saint- Denis. Dans ce cadre, les aspects diagnostic, thérapeutique et épidémiologique sont particulièrement abordés par la mise en œuvre de méthodes moléculaires. Cette approche est réalisée en étroite collaboration avec l’unité Inserm « IAME » qui propose une thématique transversale d’étude sur les mycobactéries sous la direction du Pr. E. Cambau.
•  l’étude des septicémies à Escherichia Coli, considérées comme modèle des infections opportunistes graves. Les aspects moléculaires du diagnostic, de la mise en évidence des mécanismes de résistance aux béta-Lactamines et de la virulence clinique et expérimentale sont étudiés en lien avec l’unité « IAME », UMR 1137, INSERM, Paris Nord et Paris Diderot (Directeur Pr. E. Denamur).

En Virologie, la Seine-Saint-Denis est un département endémique pour l’infection par le VIH et les virus des hépatites virales B, C et Delta. Pour mémoire, le service est CNR associé pour le virus de l’hépatite Delta. Aussi avons-nous orienté notre activité diagnostique principalement :

• dans le domaine de l’infection par le virus VIH et les virus des hépatites virales B, C et Delta. Notre unité de virologie est un laboratoire de référence pour le virus de l’hépatite delta, associé au CNR des Hépatites B et C. Dans ce cadre, les méthodes de diagnostic moléculaire : quantification de la charge virale par PCR en temps réel ; séquençage nucléotidique des souches virales normales et mutées occupent une place majeure dans l’activité de l’unité. Dans ce domaine, l’une des thématiques de recherche majeure est celle de la caractérisation et de la variabilité moléculaires des souches virales circulantes (quantification de la charge virale, séquençage nucléotidique). Plusieurs mémoires de M1, de M2, M2-P et de thèse d’université ont été réalisées où sont en cours au sein de l’unité de virologie.
• D’autre part, le laboratoire assure aussi le diagnostic biologique (sérologie, biologie moléculaire et culture cellulaire) pour les arboviroses de toute l’AP-HP (virus de la dengue, virus du chikungunya, virus Zika), de l’hépatite A, des virus Herpès (CMV, EBV, Herpes simplex I et II), HTLV-1.

À l’issue de leur DES, les internes peuvent poursuivre leur cursus scientifique au laboratoire en préparant un Master 2 puis une thèse d’Université dans le cadre de l’Ecole Doctorale Galilée, Université Paris Nord.

Missions/Activités ponctuelles et projets de recherche

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