Thématique : Marqueurs Moléculaires Somatiques des cancers (Dr Ludovic Lacroix)

Contexte :

Le Service de Pathologie Moléculaire est un des 6 Services du Département de Biologie et Pathologie Médicales de l’Institut de Cancérologie Gustave-Roussy. La création d’un Département unique, regroupant les activités de Biologie Médicale et de Anatomopathologie médicale, s’est accompagné d’un regroupement des activités contribuant à l’analyse moléculaire des tumeurs (génétique somatique et cytogénétique), dans le cadre d’un nouveau Service, intitulé Pathologie Moléculaire, dédié à la génétique somatique des cancers. Ce Service travaille en lien étroit avec le Service de Pathologie Morphologique du Département.

La Service de Pathologie Moléculaire (Biologistes responsables Dr Ludovic Lacroix et Dr Etienne Rouleau) est dédiée à l’exploration des altérations génétiques et épigénétiques des tumeurs. Les analyses, basées sur les caractéristiques pathogéniques de la tumeur et de ses métastases, permettent 1/d’améliorer le diagnostic, 2/d’améliorer la classification des tumeurs, 3/ d’apporter des informations pronostiques et 4/d’apporter des informations théranostiques pour identifier les thérapeutiques ciblées adaptées. En 2016, le Service réalise une cinquantaine de tests moléculaires dans le cadre de l’onco-hématologie et des tumeurs solides, basée sur une grande variété d’approches technologiques (RT-PCR, quantitative-PCR (Q-PCR), signature moléculaire, séquençage Direct, Séquençage haut débit de nouvelle génération (NGS), SNParrays, FISH, caryotype, etc.) . Il est labellisé en tant que participant au réseau des Plateformes de Génétique Moléculaire des Cancers de l’Institut National du Cancer (INCa). Par ailleurs, Gustave Roussy a déployé un large programme de Médecine Personnalisée du cancer basé sur le développement d’analyse moléculaire à haut débit (SNParray, Puce à ADN, digital PCR, NGS ciblé ou exome entier, RNAseq…) à partir de prélèvements tissulaires ou d’ADN circulant libre (cfDNA/ctDNA). L’objectif est de mieux sélectionner le traitement d’un patient en fonction des altérations moléculaires qui caractérisent sa tumeur. Ce programme est proposé aux patients candidats pour de la recherche clinique et en échec pour les thérapeutiques de référence. Ils sont alors suivis dans le cadre d’études mono-centriques ou multicentriques (essais MOSCATO, SAFIR01, SAFIR02, WINTHER, MAPPYACTS, PAOLA, AcSé, etc.). Pour ce programme, les portraits moléculaires des tumeurs sont réalisés en collaboration entre les services du départementde Biologie et Pathologie Médicales et le Laboratoire de Recherche Translationnelle (Dr L.Lacroix) afin d’optimiser les développements et les projets ancillaires de recherche translationnelle. En 2016 environs 2000 analyses moléculaires dans le cadre de la prise en charges « standard » de nos patients et 1600 analyses moléculaires étendus dans le cadre du projet de Médecine Personnalisée. Les résultats de ces examens sont discutés dans le cadre des différentes Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) Moléculaires avec les équipes cliniques du site Gustave Roussy.

L’activité de Pathologie Moléculaire se déploie dans le cadre des laboratoires de Biologie Moléculaire du Département de Biologie et Pathologie Médicales et les équipements sont mutualisés avec l’activité  du Service de Génétique Constitutionnelle.

Les méthodes mises en œuvre permettent : l’analyse chromosomique (caryotype), l’analyse de la structure et du contenu de l’ADN génomique interphasique du tissu tumoral (FISH et CGHa), l’analyse de la structure et du contenu, au niveau génique, de l’ADN génomique et de l’ARN messager du tissu tumoral (NGS, Q-PCR et expression génique, etc.).

L’équipe médicale se compose :

• Pour la génétique somatique des tumeurs solides : Dr L.Lacroix (0,5 ETP) , Dr E.Rouleau (1 ETP), Dr S.Cotteret (0,5 ETP) ;
• Pour la cytogénétique : Dr N Auger (1 ETP), Dr S.Cotteret (0,5 ETP) et Dr A.Valent (1 ETP) Onco-Hématologie moléculaire : Dr Christophe Marzac (1 ETP) et Pr A Bennaceur-Griscelli(0,2 ETP).

Le personnel technique comporte 10 techniciens, 1 cadre, 2 ingénieurs, 1 bioinformaticien et dédié aux activités cliniques.

Objectifs pédagogiques :

La Pathologie Moléculaire est devenue un domaine de la Biologie Médicale incontournable dans la prise en charge des patients atteints de cancer, aussi bien pour le diagnostic que pour le suivi ou encore les choix thérapeutiques. Ces activités biologiques innovantes sont maintenant associées à la famille de « génétique somatique » définie dans référentielle ISO15189. Par ailleurs, l’activité de Pathologie Moléculaire mise en œuvre pour la prise en charge des patients est étroitement liée à l’évolution des connaissances pour une tumeur donnée. L’activité dite « standard » est étroitement associée à l’activité de Recherche Cliniques (innovation thérapeutique/essais cliniques) et de Recherche Translationnelle réalisées en étroite collaboration à Gustave Roussy. Les orientations stratégiques en termes de développement et/ou de mise en œuvre de nouveaux examens à intégrer dans l’offre des soins sont définies en concertation avec les Comités Médicaux. Le projet pédagogique proposé dans le cadre du Service vise à former les internes aux analyses de Pathologie Moléculaire des tumeurs, en particulier dans le cadre du développement des thérapeutiques ciblées. De plus, l’interne sera amené à participer aux activités innovantes développées dans le cadre du programme de médecine personnalisée du cancer de Gustave Roussy.

L’objectif pédagogique proposé à l’interne est de :

• Se former aux méthodes en biologie moléculaire (séquençage, NGS, Q-PCR…) et cytogénétique (FISH, SNParray, …) Se former aux démarches de Management de la Qualité pour la Génétique Somatique, en relation avec la cellule qualité du département.
• Participer à l’activité de routine en prenant en charge un test et en assurant avec les techniciens et les praticiens, respectivement le suivi technique et la validation biologique des examens,
• Participer, en fonction de la durée de son stage, à l’activité d’innovation/développement d’activité ou de projets ciblés pouvant aboutir à des communications/publications,
• Suivre la formation continue assurée sur le site (enseignements d’oncologie clinique et biologique intra- et extra-Département, séminaires de recherche).

L’objectif de la formation est d’apporter aux futurs Biologistes Médicaux les connaissances nécessaires pour gérer ces analyses de génétique somatique, en particulier pour le domaine de l’Oncologie. En effet, pour ce nouveau domaine de la Biologie Médical, il est important de pouvoir bénéficier d’une formation pratiques spécifiques pour mieux appréhender (1) l’arsenal technique disponible, (2) les nouveaux métiers associés (e.g bioinformatiques) et surtout (3) les connaissances pour la validation/interprétation d’analyses toujours plus complexes et spécialisées. Par ailleurs le service propose une forte activité d’innovation en lien avec le laboratoire de Recherche Translationnelle, support des analyses réalisées pour la Recherche clinique dans le cadre du programme de Médecine Personnalisée de Gustave Roussy. Cette activité offre un support important pour le développement de travaux de recherche ponctuel ou de projets plus important pouvant aboutir à des travaux de Thèse d’exercice ou de Science.

Modalités de la Formation

• Mettre en pratique ses connaissances dans un dialogue clinico-biologique en participant à la validation biologique des analyses de Pathologie Moléculaire avec les Biologistes séniors du service.
• Comprendre l’organisation et le fonctionnement du service de pathologie moléculaire en lien avec le service d’anatomie pathologique et les services cliniques. Intéragir avec des oncologues et des pathologistes pour la prise en charge des patients.
• Participation RCP moléculaire et aux réunions de suivi des essais de médecine personnalisée de l’établissement (lien fort avec le département d’innovation thérapeutique et essais précoces)
• Participer à la démarche d’accréditation du département de biologie et pathologie médicale pour la Pathologie Moléculaires (validation de méthode, validation de procédures…).
• Participation aux formations médicales et scientifiques sur les sites de Gustave Roussy Cancer Campus (formation des internes, réunions bibliographiques, séminaires, possibilité de participation cours de l’école doctorales sur les thèmes d’intérêt, etc.)

Prendre contact avec :

Dr Ludovic Lacroix ; Dr Etienne Rouleau
Tél : 01 42 11 40 35 Tél : 01 42 11 44 08
Secr : 01 42 11 44 10 Secr : 01 42 11 44 10
Fax : 01 42 11 52 80 Fax : 01 42 11 52 80

Courriel : ludovic.lacroix@gustaveroussy.fr

Courriel : etienne.rouleau@gustaveroussy.fr