Hôpital

• Type : CHU
• Adresse : 27 rue du faubourg Saint Jacques 75014 Paris
• Nombre de lits : 1489
• Spécialités : L’offre de soins est variée permettant la prise en charge de la plupart des pathologies de l’adulte, de la femme enceinte, du nouveau-né et de la personne âgée.
• Moyens d’accès/transport : Métro : Ligne 6 arrêt Saint-Jacques ou Denfert- Rochereau RER : Ligne B arrêt Port-Royal Bus : Ligne 38, 83 et 91 arrêt Port-Royal, Saint-Jacques ou Observatoire Port-Royal

Laboratoire

Chef de service : Pr Claire POYART claire.poyart@aphp.fr

Responsable des internes :

• Claire Poyart claire.poyart@aphp.fr
• Asmaa Tazi MCUPH asmaa.tazi@aphp.fr
• Alexandra Doloy PH alexandra.doloy@aphp.fr

Effectifs : 1 PU-PH; 4 MCU-PH; 1 AHU; 2 PH; 1 PHC; 0 AS; 1 PA; 4 internes; 2 externes; 29 techniciens

Staff :

• Réunions de services : 1/semaine,
• Réunions clinico-biologiques : 1/semaine,
• Réunions bibliographiques : 1/semaine,

Cours organisé par le service : 15 cours (1h30-2h) en début de chaque semestre de mise a niveau

Agrément : Niveau 1, 2 ; phase socle

Techniques utilisées, spécialités :

Intégration de l’interne dans la démarche qualité et d’accréditation :

Gardes : 

• Pool de garde : 12-14 internes
• Fréquence : 1 garde tout les 10 j
• Horaires : 18h30-7h30
• Personnel de garde : 2 internes ; 2 techniciens ; 1 senior
• Activité(s) : Technique des examens de bactériologie

Astreintes

• Jour(s) : Samedi
• Fréquence : Tous les 15 jours
• Horaires : 9h00-14h00
• Activité(s) : lecture des antibiogrammes au Sirscan et validation des résultats.

Missions/ Activités principales de l’interne

Le Service de Bactériologie de l’Hôpital Cochin fait partie du Pôle de Biologie Pharmacie Pathologie. Au sein du pôle nous travaillons en collaboration avec les Service de Virologie (Pr F. Rozenberg) et de Parasitologie Mycologie (chef de service par interim Pr. Claire Poyart ; responsable parasitologue Frédéric Ariey).
Le laboratoire est organisé en quatre secteurs, un secteur J0 où sont techniqués tous les prélèvements reçus au laboratoire et trois secteurs « cliniques », chacun étant dédié à un ensemble de services du groupe hospitalier, et quatre secteurs «techniques»: contrôle bactériologique de l’environnement et surveillance épidémiologique, mycobactéries, sérologie bactérienne et biologie moléculaire (PCR classique, PCR en temps réel, séquençage, hybridation), regroupant chacun des activités nécessitant une plateforme technique importante. La sectorisation « clinique » du laboratoire facilite la relation clinicien-biologiste par un dialogue quotidien entre les services demandeurs et le biologiste et l’interne en charge du secteur, qui constitue alors des interlocuteurs privilégiés

Le laboratoire a une activité en 2016 estimée en B de 25,5 M et en actes de 308 260 actes. Il est composé en terme d’effectif pour le personnel non médical de 27 techniciens, un cadre supérieur de santé, pour le personnel médical d’un PUPH (C. Poyart), de 2 PH temps plein (H. Poupet, A. Doloy), 4 MCU-PH (A. Tazi, J. Loubinoux, P. Morand, J. Raymond), un AHU, un PHC (C. Plainvert).

Le laboratoire est doté d’un équipement qui est en parfaite adéquation avec les évolutions actuelles de la bactériologie en matière de technologie innovante (cytomètre de flux pour les urines, chaine d’ensemencement WorkCell BD Kiestra, lecture automatisé des antibiogrammes (Vitek et Sirscan), Spectromètre de masse (Bruker), appareil de PCR en temps réel, accès à la plateforme de séquençage à haut débit (Illumina),….. ).

L’accueil d’internes dans le cadre du DES a pour but de leur apporter un enseignement formateur de bactériologie médicale.

Objectifs généraux pour les internes
Obtenir des connaissances théoriques et pratiques pour réaliser le diagnostic des maladies infectieuses bactériennes du pré-analytique au post-analytique: maîtrise de la réalisation du prélèvement et de la validation de sa conformité, des techniques d’analyse, interprétation et validation des résultats et participation au dialogue clinico-biologique et conseils thérapeutiques.

Niveau 1
Complément de formation théorique
Des conférences sont organisées chaque semaine afin de compléter la formation universitaire. Les sujets portent sur les diagnostics cytobactériologiques classiques, les méthodes de diagnostic innovantes puis sur les anti-infectieux (cf programme des cours et doivent apprendre les bases de la microbiologie s’ils ne la connaissent pas) en début de stage.

Formation technique
Tout d’abord les internes sont formés aux règles d’hygiène et sécurité au laboratoire puis aux différentes techniques usuelles en assurant alternativement un poste avec ou non l’aide d’un technicien. En particulier, ils sont formés à la technique des ECBU, des coprocultures, des hémocultures, ponctions puis des autres prélèvements tels les prélèvements bronchiques et du nouveau-né. Ils sont toujours encadrés par un biologiste du service.
Ils apprennent ainsi à valider le prélèvement, sa conformité aux règles de juste prescription, à le prendre en charge de l’examen direct à sa mise en culture, à lire les cultures, réaliser les antibiogrammes et interpréter les résultats.
Ils sont aussi formés au diagnostic moléculaire (PCR, qPCR). Enfin, ils sont aussi formés au rendu des résultats sur le SGL GLIMS.

Formation à la lecture interprétative de l’antibiogramme

• Les internes participent à la lecture interprétative des antibiogrammes avec un biologiste. Ceci leur permet de compléter leur formation théorique. Formation à la validation biologique et au dialogue clinico-biologique
• L’interne responsable d’un poste technique valide ses résultats et avec l’aide d’un biologiste participe au dialogue clinico biologique et aux conseils thérapeutiques. Il participe à la validation biologique de l’ensemble des résultats avec un biologiste.
• Formation à l’hygiène hospitalière
• Ils sont aussi formés au suivi et à la prévention des infections nosocomiales et à bactéries multirésistantes. Ceci en collaboration étroite avec l’EOH.

Formation complémentaire en virologie

• Les internes complètent leur formation pratique en virologie dans le service de virologie du Pr Rosenberg (8-15 jours/semestre). Cette formation complémentaire cible la réalisation et interprétation des charges virales et les infections virales de l’immunodéprimé.
• Formation complémentaire en parasitologie
• Les internes peuvent complètent leur formation pratique en parasitologie dans le service de parasitologie (8-15 jours/semestre). Cette formation complémentaire cible la réalisation et interprétation des lectures.
• Participation aux réunions bibliographiques et aux staffs de l’hôpital
• Des réunions hebdomadaires ont lieu dans le service sur les cas cliniques rencontrés. Les internes présentent oralement dans le service au minimum sujet. Ils participent aussi aux staffs hebdomadaires dans les services appartenant à leur secteur.

Niveau 2

• L’interne de niveau 2 peut approfondir sa formation en bactériologie. Il participe à la validation biologique, aux conseils thérapeutiques et à la commission des anti- infectieux.
• Il participe aussi aux différentes enquêtes épidémiologiques (observatoire des pneumocoques, enquêtes périnatales) et aux projets de recherche clinique en cours.
• Il participe aussi à l’accréditation selon la norme NF EN ISO 15189 et au suivi de la qualité au laboratoire encadré par un PH du service responsable qualité du pôle.
• Ce stage de bactériologie, de part le recrutement très général des patients hospitalisés sur le GH Cochin, offre un aperçu quasi exhaustif des prélèvements de bactériologie, que les internes se destinent à une carrière privée ou hospitalière.

Missions/Activités ponctuelles et projets de recherche

• Les internes peuvent participés aux protocoles de recherche clinique en cours au laboratoire, à un travail de recherche clinique et/ou de mise au point de techniques et sont alors associés aux communications et publications.
• L’adossement du Service à un Centre National de Référence (CNR des Streptocoques ; https://www.cnr-strep.fr/ ) et d’une équipe de recherche INSERM « Barrières et Pathogènes » U1016 (http://www.institutcochin.fr/la- recherche/3i/equipe-poyart-fouet), permet à ceux qui le désirent de réaliser leur travail pour le mémoire du DES et plus s’ils le désirent acquérir une formation scientifique (M2, thèse, poste d’accueil INSERM) leur permettant de poursuivre une
  éventuelle carrière hospitalo-universitaire.

Mise à jour : 07/07/2017